Kernel: 2.6.32.13-0.4-default

SUSE Linux Enterprise Server 11 (x86_64):

VERSION = 11

PATCHLEVEL = 1

SGI ProPack:

Alguns dos principais pacotes rpm:

• sgi-propack-configuration-1.4-sgi701r1.sles11
• sgi-propack-release-7SP1-sgi701r3.sles11
• sgi-propackdocs-7-sgi701r2.sles11
• sgi-mpt-2.01-sgi701r3.sles11
• mpitests_mpt-2.0-705sgi701r3.sles11

Documentação (além de manpages) na gina em /usr/share/doc/packages/sgi-propack-7/index.html, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/sgi-propack-7/index.html.

Vários arquivos de documentação estão em PDF. A maioria está copiada na astroweb, com link nesta página. Para leitura pela gina, há o Adobe Reader 9.3.4 (acroread).

TORQUE Resource Manager (PBS de código aberto).

Documentação (além de manpages) http://www.clusterresources.com/products/torque/docs/index.shtml.

Principais executáveis (já no PATH global): qsub, qstat, qdel

Há duas filas mantidas pelo TORQUE:

• short - Para processos executados em até 1 hora. Não há minimo de tempo de execução (walltime).
• long - Para processos executados em até 10 horas. O tempo mínimo de execução (walltime) a alocar é 1 hora.

Regras de utilização:

1. Todos os processos devem ser submetidos à fila, inclusive os seriais.
2. A unica exceção é para processos interativos que utilizem programas como o IDL, Mathematica, R, etc. Para esses processos foram reservados 4 dos 24 núcleos.
3. Qualquer processo em execução que não tiver sido submetido pela fila, e que não se encaixe no item 2, será terminado sem aviso prévio.

Há um exemplo de uso do sistema de filas em exemplo_filas.

http://www.nvidia.com/object/cuda_home_new.html

Drivers, compilador, debugger e bibliotecas para uso da plataforma CUDA.

Driver 3.2 (260.19.26).

Toolkit 3.2.16 em

/usr/local/cuda/

SDK 3.2.16 em

/apps/cuda/NVIDIA_GPU_Computing_SDK

Documentação na gina em /usr/local/cuda/doc/, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/cuda/CUDA_Toolkit_Reference_Manual.html, e http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/cuda/CUDA_Toolkit_Reference_Manual.pdf

NVIDIA Perfomance Primitives (NPP 3.2.16) em

/apps/cuda/SDK

Pacotes RPM 3.1 (use rpm -ql nome_do_pacote para ver os arquivos instalados):

• cudatoolkit-3.1-sgi702a15.sles11
• cudasdk-3.1-sgi702a17.sles11

/usr/local/cuda_3.1/

Principais executáveis (já no PATH global): nvcc, cuda-gdb, computeprof

IDE, compilador e máquina virtual para Java.

http://netbeans.org/

java version “1.6.0_21”

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_21-b06)

Java HotSpot(TM) Server VM (build 17.0-b16, mixed mode)

/apps/jdk1.6.0_21/

/apps/netbeans-6.9.1/

Documentação (além de manpages) pelo menu help do Netbeans.

Principais executáveis (já no PATH global): netbeans, java, javac

http://www.ittvis.com/ProductServices/IDL.aspx

IDL Version 8.0.1 (linux x86_64 m64). © 2010, ITT Visual Information Solutions

/apps/itt/idl/

Documentação pelo menu help, ou com ? na linha de comando.

Principais executáveis (já no PATH global): idlde, idl

Bibliotecas (já no IDL_PATH global): gpulib, idlastro, coyote, catalyst, idldoc, mgunit

Há IDL_PATH e IDL_DLM_PATH globais, com os diretórios das bibliotecas acima. Como variáveis globais têm prioridade mais alta que as preferências do IDL, estas fazem com que o IDL ignore as preferências de IDL_PATH e IDL_DLM_PATH (tanto as geradas diretamente editando o arquivo ~/idl/itt/pref-10-idl_8_0-unix/idl.pref, como pelo menu de preferências do Workbench, como pelo pref_set na linha de comando). Para fazer o IDL usar estas duas preferências, é necessário apagar as variáveis de sistema correspondentes:

Em bash (o que pode ser adicionado ao ~/.bashrc, por exemplo):

unset IDL_PATH
unset IDL_DLM_PATH

Em csh (o que pode ser adicionado ao ~/.cshrc, por exemplo):

unsetenv IDL_PATH
unsetenv IDL_DLM_PATH

http://www.txcorp.com/products/GPULib/

http://gpulib.blogspot.com/

API e bibliotecas para uso de GPUs em IDL.

/apps/gpulib/

Documentação na gina em /apps/gpulib/docs/, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/gpulib/index.html.

Arquivos de exemplo em /apps/gpulib/demos e /apps/gpulib/tests

Já incluído no IDL_PATH e IDL_DLM_PATH globais, acessível diretamente do IDL.

http://www.pgroup.com/products/pgiworkstation.htm

Compilador para Fortran ¹⁾ com suporte a CUDA (explícito e implícito).

/apps/pgi/linux86-64/2011/

Documentação (além de manpages) na gina em /apps/pgi/linux86-64/2011/doc/index.htm, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/pgi/index.htm.

Principais executáveis: pgcc, pgfortran

Compilador para Fortran ²⁾ com MPI, ferramentas para uso e debug em clusters e suporte a CUDA (explícito e implícito).

/apps/pgicdk/linux86-64/2011/

Documentação (além de manpages) na gina em /apps/pgicdk/linux86-64/2011/doc/index.htm, /apps/pgicdk/linux86-64/2011/mpi2/mpich/share/doc e /apps/pgicdk/linux86-64/2011/mpi/mpich/www, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/pgicdk/index.htm, http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/mpi2/ e http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/mpi/mpich.html.

Principais executáveis (já no PATH global): pgcc, pgfortran, pgdbg

http://www.oracle.com/us/products/tools/050872.html

Compilador, IDE, debugger, analyzer, bibliotecas, MPI para C, C++, Fortran.

/apps/oracle/solstudio12.2

Documentação (além de manpages) pelo menu help.

Principais executáveis (já no PATH global):

• solstudio, sunstudio (equivalentes, referentes à troca do nome de Sun Studio para Solaris Studio)
• suncc, sunf95 (equivalentes, referentes à troca do nome de Sun Studio para Solaris Studio)
• Outros executáveis em /apps/oracle/solstudio12.2/bin/, não incluídos no PATH global, para evitar conflitos de nomes (como do f95 ou cc).

Pacotes RPM (use rpm -ql nome_do_pacote para ver os arquivos instalados):

• mpitests-3.1-5.15
• mpich-1.2.7p1-126.25
• openmpi-1.3.2-0.2.42
• openmpi-devel-1.3.2-0.2.42
• mpitests_mpt-2.0-705sgi701r3.sles11
• mpi-selector-1.0.3-0.1.43
• mpitests-mvapich2-3.1-5.16
• mpich-devel-1.2.7p1-126.25

Alguns dos pacotes RPM (use rpm -ql nome_do_pacote para ver os arquivos instalados):

• libgcc43-32bit-4.3.4_20091019-0.7.35
• gcc33-fortran-3.3.3-11.9
• gcc-c++-4.3-62.198
• gcc45-fortran-4.5.0_20100414-1.2.7
• gcc43-4.3.4_20091019-0.7.35
• gcc43-fortran-4.3.4_20091019-0.7.35
• gcc43-fortran-32bit-4.3.4_20091019-0.7.35
• libgcc43-4.3.4_20091019-0.7.35
• gcc43-c++-4.3.4_20091019-0.7.35
• libgcc45-4.5.0_20100414-1.2.7
• gcc33-3.3.3-11.9
• gcc33-fortran-32bit-3.3.3-11.9
• gcc-4.3-62.198
• gcc-fortran-4.3-62.198
• gcc45-4.5.0_20100414-1.2.7
• gcc-fortran-32bit-4.3-62.198

Principais executáveis (já no PATH global):

• gcc, gcc-3.3, gcc-4.3, gcc-4.5 - (default gcc: 4.3)
• gfortran, gfortran-4.3, gfortran-4.5 - (default gfortran: GNU Fortran (SUSE Linux) 4.3.4 [gcc-4_3-branch revision 152973])

http://www.python.org/

Python 2.6.0-8.9.28 Numpy 1.3.0-1.1.42 PyCUDA 0.94

Principais executáveis (já no PATH global): python, idle, ipython

http://www.r-project.org/ http://brainarray.mbni.med.umich.edu/brainarray/rgpgpu/

Principal executável (já no PATH global): R

Documentação do R+GPU (além de manpages) na gina em /apps/R/gputools.pdf, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/R/gputools.pdf.

http://software.intel.com/en-us/intel-compilers/

Compilador, debugger com IDE e bibliotecas para C, C++. Não há licença válida, então só serve para o uso de suas bibliotecas por código compilado em outro lugar.

/apps/intel/Compiler/11.1/073/

Documentação (além de manpages) na gina em /apps/intel/Compiler/11.1/073/Documentation/en_US/documentation_c.htm, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/intelc/en_US/documentation_c.htm.

Principais executáveis (já no PATH global): icc, icpc, idb

http://software.intel.com/en-us/intel-compilers/

Compilador, debugger com IDE e bibliotecas para Fortran. Não há licença válida, então só serve para o uso de suas bibliotecas por código compilado em outro lugar.

/apps/intel/Compiler/11.1/073/

Documentação (além de manpages) na gina em /apps/intel/Compiler/11.1/073/Documentation/en_US/documentation_f.htm, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/intelc/en_US/documentation_f.htm.

Principais executáveis (já no PATH global): ifort, idb

http://software.intel.com/en-us/intel-cluster-toolkit-compiler/

Compilador para C, C++, Fortran com MPI, ferramentas para uso e debug em clusters. Não há licença válida, então só serve para o uso de suas bibliotecas por código compilado em outro lugar.

• Intel(R) MPI Library
• Intel(R) Trace Analyzer and Collector
• Intel(R) Math Kernel Library
• Intel(R) MPI Benchmarks
• Intel(R) C++ Compiler for applications running on IA-32
• Intel(R) C++ Compiler for applications running on Intel(R) 64
• Intel(R) Fortran Compiler for applications running on IA-32
• Intel(R) Fortran Compiler for applications running on Intel(R) 64
• Intel(R) Debugger for applications running on Intel(R) 64

/apps/intel/ictce/4.0.0.020/

Documentação (além de manpages) na gina em /apps/intel/ictce/4.0.0.020/doc/Doc_Index.htm, copiada em http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/ictc/doc/Doc_Index.htm.

Principais executáveis (já no PATH global):

• mpiicc, mpiicpc, mpiifort - Compiladores (C, C++, Fortran).
• mpdboot, mpdtrace, mpdallexit - Para gerenciar o daemon MPI.
• mpirun, mpiexec - Para executar os programas em MPI.

Tutorial da Intel em /apps/mpi/ICTCE_Linux_Tutorial.pdf, http://www.astro.iag.usp.br/~gina/tut/ICTCE_Linux_Tutorial.pdf, e http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/ictc/doc/Linux_Getting_Started.htm.

Tutorial para rodar um Hello, world (exemplo da Intel) em MPI: exemplo_mpi_intel

Arquivos machines.LINUX, .mpd.conf, mpd.hosts exemplo em /apps/mpi/