Poco conocemos sobre el Universo observable en el longitudes de onda de trabajo del LLAMA considerando que existe la necesidad de instalar los equipos en sitios especialmente complejos (en particular, a altitudes muy altas para evitar la influencia del vapor de agua en las observaciones). Así, se espera que la comunidad astronómica tenga acceso a una facilidad cuyas observaciones resultarán en trabajos científicos de alto impacto. Las posibilidades de investigación en mucho serán ampliadas cuando el LLAMA pueda operar conjuntamente con el ALMA y otros radiotelescopios en observaciones de interferometría de línea de base muy larga (Very Long Baseline Interferometry, VLBI). De este modo podrán obtenerse observaciones con resolución espacial hasta diez veces mayor que el ALMA operando solo.

Las investigaciones que podrán desarrollarse con el LLAMA han sido discutidas con las comunidads astronómicas de Argentina y Brasil principalmente a través del LLAMA Science Workshop, evento que ya tuvo dos ediciones, en 2015 y 2017.

Se seleccionaron tres áreas científicas principales como conductores para el desarrollo del LLAMA: agujeros negros y sus discos de acreción, evolución molecular del Universo y su conexión con la astrobiología y la estructura espiral de la Galaxia. Sin embargo, muchas otras áreas de investigación serán beneficiadas por el uso del primer radiotelescopio del LLAMA, tanto en observaciones de antena única como participando de redes interferométricas. Algunos ejemplos se muestran en la siguiente lista. 

Galaxias

* Búsqueda de CO en galaxias con altos corrimientos al rojo;

* Estudio de abundancia molecular;

* Estudio de la variación de las constantes fundamentales mediante la observación de lentes gravitacionales;

* Estudio a altos corrimientos al rojo, de regiones con elevadísima tasa de formación estelar;

* Estudio de proto-cúmulos de galaxias;

* Estudio de agujeros negros de gran masa, particularmente a través de participación en el EHT.

Chorros astrofísicos y emisión máser

* Estudio de chorros astrofísicos en general;

* Estudio de fenómenos láser en líneas de recombinación emitidas en la banda de radio por el átomo de hidrógeno;

* Estudio de la emisión máser en regiones de formación estelar;

* Estudio de la emisión máser en envolturas estelares de estrellas tardías.

Altas energías

* Search for counterparts of gamma-ray sources detected with the future array of Cherenkov telescopes (CTA - Cherenkov Telescope Array).

Medio interestelar galáctico e intergaláctico 

* Estudio de radiación de continuo del polvo extragaláctico;

* Estudio del material molecular en la dirección de distintos objetos estelares;

* Estudio del medio intergaláctico mediante la detección de líneas de absorción moleculares en la dirección de cuasares;

* Estudio del fondo cósmico de radiación.

Objetos estelares

* Estudio de regiones de formación estelar, de núcleos pre-estelares, de objetos estelares jóvenes, y de los mecanismos de formación estelar;

* Estudio de procesos no-térmicos en magnetósferas estelares;

* Estudio de la interacción de estrellas y de remanentes de supernova con su medio interestelar.

Planetas

* Estudio de planetas extrasolares cercanos al Sol;

* Estudio de discos proto-planetarios.

Estudios del Sol

* Estructura de la atmósfera Solar baja;

* Filamentos activos y quiescentes;

* Fulguraciones solares;

* Estudio de la dinámica de la cromosfera y de su campo magnético.