====== Software Instalado ====== ==== Sistema ==== Kernel: 2.6.32.13-0.4-default [[http://www.novell.com/promo/suse/sle11sp1.html|SUSE Linux Enterprise Server 11 (x86_64)]]: VERSION = 11 PATCHLEVEL = 1 [[http://www.sgi.com/products/software/propack.html|SGI ProPack]]: Alguns dos principais pacotes rpm: *sgi-propack-configuration-1.4-sgi701r1.sles11 *sgi-propack-release-7SP1-sgi701r3.sles11 *sgi-propackdocs-7-sgi701r2.sles11 *sgi-mpt-2.01-sgi701r3.sles11 *mpitests_mpt-2.0-705sgi701r3.sles11 Documentação (além de manpages) na gina em ''/usr/share/doc/packages/sgi-propack-7/index.html'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/sgi-propack-7/index.html]]. Vários arquivos de documentação estão em PDF. A maioria está copiada na astroweb, com link nesta página. Para leitura pela gina, há o Adobe Reader 9.3.4 (''acroread''). ==== TORQUE ==== [[http://www.clusterresources.com/pages/products/torque-resource-manager.php|TORQUE Resource Manager]] (PBS de código aberto). Documentação (além de manpages) [[http://www.clusterresources.com/products/torque/docs/index.shtml]]. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''qsub, qstat, qdel'' Há duas filas mantidas pelo TORQUE: *short - Para processos executados em até 1 hora. Não há minimo de tempo de execução (walltime). *long - Para processos executados em até 10 horas. O tempo mínimo de execução (walltime) a alocar é 1 hora. Regras de utilização: -Todos os processos devem ser submetidos à fila, inclusive os seriais. -A unica exceção é para processos interativos que utilizem programas como o IDL, Mathematica, R, etc. Para esses processos foram reservados 4 dos 24 núcleos. -Qualquer processo em execução que não tiver sido submetido pela fila, e que não se encaixe no item 2, será terminado sem aviso prévio. Há um exemplo de uso do sistema de filas em [[exemplo_filas]]. ==== NVIDIA CUDA ==== [[http://www.nvidia.com/object/cuda_home_new.html]] Drivers, compilador, debugger e bibliotecas para uso da plataforma CUDA. Driver 3.2 (260.19.26). Toolkit 3.2.16 em ''/usr/local/cuda/'' SDK 3.2.16 em ''/apps/cuda/NVIDIA_GPU_Computing_SDK'' Documentação na gina em ''/usr/local/cuda/doc/'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/cuda/CUDA_Toolkit_Reference_Manual.html]], e [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/cuda/CUDA_Toolkit_Reference_Manual.pdf]] NVIDIA Perfomance Primitives (NPP 3.2.16) em ''/apps/cuda/SDK'' Pacotes RPM 3.1 (use ''rpm -ql nome_do_pacote'' para ver os arquivos instalados): *cudatoolkit-3.1-sgi702a15.sles11 *cudasdk-3.1-sgi702a17.sles11 ''/usr/local/cuda_3.1/'' Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''nvcc, cuda-gdb, computeprof'' ==== Netbeans IDE 6.9.1 - Java SE Development Kit (JDK), VERSION 6 ==== IDE, compilador e máquina virtual para Java. [[http://netbeans.org/]] java version "1.6.0_21" Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_21-b06) Java HotSpot(TM) Server VM (build 17.0-b16, mixed mode) ''/apps/jdk1.6.0_21/'' ''/apps/netbeans-6.9.1/'' Documentação (além de manpages) pelo menu help do Netbeans. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''netbeans, java, javac'' ==== IDL ==== [[http://www.ittvis.com/ProductServices/IDL.aspx]] IDL Version 8.0.1 (linux x86_64 m64). (c) 2010, ITT Visual Information Solutions ''/apps/itt/idl/'' Documentação pelo menu help, ou com ''?'' na linha de comando. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''idlde, idl'' Bibliotecas (já no ''IDL_PATH'' global): ''gpulib, idlastro, coyote, catalyst, idldoc, mgunit'' Há ''IDL_PATH'' e ''IDL_DLM_PATH'' globais, com os diretórios das bibliotecas acima. Como variáveis globais têm prioridade mais alta que as preferências do IDL, estas fazem com que o IDL ignore as preferências de ''IDL_PATH'' e ''IDL_DLM_PATH'' (tanto as geradas diretamente editando o arquivo ''~/idl/itt/pref-10-idl_8_0-unix/idl.pref'', como pelo menu de preferências do Workbench, como pelo pref_set na linha de comando). Para fazer o IDL usar estas duas preferências, é necessário apagar as variáveis de sistema correspondentes: Em bash (o que pode ser adicionado ao ''~/.bashrc'', por exemplo): unset IDL_PATH unset IDL_DLM_PATH Em csh (o que pode ser adicionado ao ''~/.cshrc'', por exemplo): unsetenv IDL_PATH unsetenv IDL_DLM_PATH ==== GPULib 1.4.2 ==== [[http://www.txcorp.com/products/GPULib/]] [[http://gpulib.blogspot.com/]] API e bibliotecas para uso de GPUs em IDL. /apps/gpulib/ Documentação na gina em ''/apps/gpulib/docs/'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/gpulib/index.html]]. Arquivos de exemplo em ''/apps/gpulib/demos'' e ''/apps/gpulib/tests'' Já incluído no ''IDL_PATH'' e ''IDL_DLM_PATH'' globais, acessível diretamente do IDL. ==== PGI Workstation 11.4 ==== [[http://www.pgroup.com/products/pgiworkstation.htm]] Compilador para Fortran ((a licença não cobre C e C++)) com suporte a CUDA (explícito e implícito). ''/apps/pgi/linux86-64/2011/'' Documentação (além de manpages) na gina em ''/apps/pgi/linux86-64/2011/doc/index.htm'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/pgi/index.htm]]. Principais executáveis: ''pgcc, pgfortran'' ==== PGI Cluster Development Kit (CDK) 11.4 ==== Compilador para Fortran ((a licença não cobre C e C++)) com MPI, ferramentas para uso e debug em clusters e suporte a CUDA (explícito e implícito). ''/apps/pgicdk/linux86-64/2011/'' Documentação (além de manpages) na gina em ''/apps/pgicdk/linux86-64/2011/doc/index.htm'', ''/apps/pgicdk/linux86-64/2011/mpi2/mpich/share/doc'' e ''/apps/pgicdk/linux86-64/2011/mpi/mpich/www'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/pgicdk/index.htm]], [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/mpi2/]] e [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/mpi/mpich.html]]. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''pgcc, pgfortran, pgdbg'' ==== Oracle Solaris Studio (antigo SunStudio) 12.2 ==== [[http://www.oracle.com/us/products/tools/050872.html]] Compilador, IDE, debugger, analyzer, bibliotecas, MPI para C, C++, Fortran. ''/apps/oracle/solstudio12.2'' Documentação (além de manpages) pelo menu help. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): *''solstudio, sunstudio'' (equivalentes, referentes à troca do nome de Sun Studio para Solaris Studio) *''suncc, sunf95'' (equivalentes, referentes à troca do nome de Sun Studio para Solaris Studio) *Outros executáveis em ''/apps/oracle/solstudio12.2/bin/'', não incluídos no PATH global, para evitar conflitos de nomes (como do ''f95'' ou ''cc''). ==== Outros MPIs ==== Pacotes RPM (use ''rpm -ql nome_do_pacote'' para ver os arquivos instalados): *mpitests-3.1-5.15 *mpich-1.2.7p1-126.25 *openmpi-1.3.2-0.2.42 *openmpi-devel-1.3.2-0.2.42 *mpitests_mpt-2.0-705sgi701r3.sles11 *mpi-selector-1.0.3-0.1.43 *mpitests-mvapich2-3.1-5.16 *mpich-devel-1.2.7p1-126.25 ==== GCC ==== Alguns dos pacotes RPM (use ''rpm -ql nome_do_pacote'' para ver os arquivos instalados): *libgcc43-32bit-4.3.4_20091019-0.7.35 *gcc33-fortran-3.3.3-11.9 *gcc-c++-4.3-62.198 *gcc45-fortran-4.5.0_20100414-1.2.7 *gcc43-4.3.4_20091019-0.7.35 *gcc43-fortran-4.3.4_20091019-0.7.35 *gcc43-fortran-32bit-4.3.4_20091019-0.7.35 *libgcc43-4.3.4_20091019-0.7.35 *gcc43-c++-4.3.4_20091019-0.7.35 *libgcc45-4.5.0_20100414-1.2.7 *gcc33-3.3.3-11.9 *gcc33-fortran-32bit-3.3.3-11.9 *gcc-4.3-62.198 *gcc-fortran-4.3-62.198 *gcc45-4.5.0_20100414-1.2.7 *gcc-fortran-32bit-4.3-62.198 Principais executáveis (já no ''PATH'' global): *''gcc, gcc-3.3, gcc-4.3, gcc-4.5'' - (default ''gcc'': 4.3) *''gfortran, gfortran-4.3, gfortran-4.5'' - (default ''gfortran'': GNU Fortran (SUSE Linux) 4.3.4 [gcc-4_3-branch revision 152973]) ==== Python ==== [[http://www.python.org/]] Python 2.6.0-8.9.28 Numpy 1.3.0-1.1.42 PyCUDA 0.94 Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''python, idle, ipython'' ==== R, R+GPU ==== [[http://www.r-project.org/]] [[http://brainarray.mbni.med.umich.edu/brainarray/rgpgpu/]] Principal executável (já no ''PATH'' global): ''R'' Documentação do R+GPU (além de manpages) na gina em ''/apps/R/gputools.pdf'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/R/gputools.pdf]]. ====== Software instalado, mas com limitações ====== ==== Intel(R) C++ Compiler Professional Edition 11.1 for Linux OS ==== [[http://software.intel.com/en-us/intel-compilers/]] Compilador, debugger com IDE e bibliotecas para C, C++. Não há licença válida, então só serve para o uso de suas bibliotecas por código compilado em outro lugar. ''/apps/intel/Compiler/11.1/073/'' Documentação (além de manpages) na gina em ''/apps/intel/Compiler/11.1/073/Documentation/en_US/documentation_c.htm'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/intelc/en_US/documentation_c.htm]]. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''icc, icpc, idb'' ==== Intel(R) Fortran Compiler Professional Edition 11.1 for Linux OS ==== [[http://software.intel.com/en-us/intel-compilers/]] Compilador, debugger com IDE e bibliotecas para Fortran. Não há licença válida, então só serve para o uso de suas bibliotecas por código compilado em outro lugar. ''/apps/intel/Compiler/11.1/073/'' Documentação (além de manpages) na gina em ''/apps/intel/Compiler/11.1/073/Documentation/en_US/documentation_f.htm'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/intelc/en_US/documentation_f.htm]]. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): ''ifort, idb'' ==== Intel® Cluster Toolkit Compiler Edition for Linux ==== [[http://software.intel.com/en-us/intel-cluster-toolkit-compiler/]] Compilador para C, C++, Fortran com MPI, ferramentas para uso e debug em clusters. Não há licença válida, então só serve para o uso de suas bibliotecas por código compilado em outro lugar. *Intel(R) MPI Library *Intel(R) Trace Analyzer and Collector *Intel(R) Math Kernel Library *Intel(R) MPI Benchmarks *Intel(R) C++ Compiler for applications running on IA-32 *Intel(R) C++ Compiler for applications running on Intel(R) 64 *Intel(R) Fortran Compiler for applications running on IA-32 *Intel(R) Fortran Compiler for applications running on Intel(R) 64 *Intel(R) Debugger for applications running on Intel(R) 64 ''/apps/intel/ictce/4.0.0.020/'' Documentação (além de manpages) na gina em ''/apps/intel/ictce/4.0.0.020/doc/Doc_Index.htm'', copiada em [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/ictc/doc/Doc_Index.htm]]. Principais executáveis (já no ''PATH'' global): *''mpiicc, mpiicpc, mpiifort'' - Compiladores (C, C++, Fortran). *''mpdboot, mpdtrace, mpdallexit'' - Para gerenciar o daemon MPI. *''mpirun, mpiexec'' - Para executar os programas em MPI. Tutorial da Intel em ''/apps/mpi/ICTCE_Linux_Tutorial.pdf'', [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/tut/ICTCE_Linux_Tutorial.pdf]], e [[http://www.astro.iag.usp.br/~gina/docs/ictc/doc/Linux_Getting_Started.htm]]. Tutorial para rodar um //Hello, world// (exemplo da Intel) em MPI: [[exemplo_mpi_intel]] Arquivos ''machines.LINUX, .mpd.conf, mpd.hosts'' exemplo em ''/apps/mpi/'' ====== Software a instalar ====== == Python 3 com Numpy e PyCUDA == == JCUDA, Jcuda,Jcublas, Jcufft == == CULAtools == == MAGMA == == Thrust == == Flagon == == F2C-ACC ==